省以下環保機構監測監察執法垂直管理制度改革：事業單位分類改革，事業機構、使用事業編制的市縣環保局改革、規范設置環境執法機構、內設機構、不突破地方現有機構限額和編制總額。
事業單位分類改革
根據《事業單位登記管理暫行條例》規定，事業單位是指國家為了社會公益目的，由國家機構舉辦或者其他組織利用國有資產舉辦的，從事教育、科技、文化、衛生等活動的社會服務組織。事業單位應當具備法人條件，實行分級登記管理。
按照社會功能一般將現有事業單位劃分為承擔行政職能、從事生產經營活動和從事公益服務三個類別。事業單位分類改革是指按照政事分開、事企分開和管辦分離的要求，以促進公益事業發展為目的，以科學分類為基礎，以深化體制改革為核心，堅持分類指導、分類推進、分級組織、分步實施的工作方針，分類推進事業單位改革，對事業單位管理體制和運行機制進行調整優化、改進革新的舉措，到2020年，建立起功能明確、治理完善、運行高效、監管有力的管理體制和運行機制，形成基本服務優化、供給水平適度、布局結構合理服務公平公正的中國特色公益服務體系。
我國環境監察執法系統、環境監測系統大多為事業單位，一些地方環保局仍然是事業局、合署局，因此《關于省以下環保機構監測監察執法垂直管理制度改革試點工作的指導意見》(以下簡稱《意見》)在基本原則中明確要求，環保垂改工作應搞好統籌協調，與事業單位分類改革等相銜接，提升改革綜合效能。
事業機構、使用事業編制的市縣環保局改革
承擔行政職能的事業單位是指承擔行政決策、行政執行、行政監督等職能的事業單位。這類單位政事不分、機構重疊、職責交叉、效能不高等問題日益突出，不適應簡政放權、依法行政、規范政府治理的要求，迫切需要通過改革加以解決，逐步將其行政職能劃歸行政機構或轉為行政機構。
《中共中央國務院關于分類推進事業單位改革的指導意見》規定，對部分承擔行政職能的事業單位，要認真梳理職能，將屬于政府的職能劃歸相關行政機構;職能調整后，要重新明確事業單位職責、劃定類別，工作任務不足的予以撤銷或并入其他事業單位。對完全承擔行政職責的事業單位，可調整為相關行政機關的內設機構，確需單獨設置行政機構的，要按照精簡效能原則設置。
《關于開展承擔行政職能事業單位改革試點的指導意見》具體規定，先行推進承擔行政決策、行政執行、行政監督等職能，主要行使行政許可、行政裁決等行政職權的事業單位改革。首先，對于政府直屬事業單位，結合推行大部門制并入相關行政機構，確有工作需要的可保留原來的牌子;確需單獨設置行政機構的，原則上在中央規定的機構限額內統籌研究解決，具體設置形式、名稱、排序等，根據本級政府的功能特點和實際需要決定。
因此，《意見》第十條規定，“目前仍為事業機構、使用事業編制的市縣兩級環保局，要結合體制改革和事業單位分類改革，逐步轉為行政機構，使用行政編制”。目前全國仍有100多個事業單位性質的市縣兩級環保局，作為承擔行政職能、主要行使行政許可和行政決策的政府直屬機構，應當根據事業單位分類改革要求和《意見》要求，逐步轉為行政機構。特別是區縣級環保局改革調整為市局分局后，在一定程度上解決區縣政府行政機構總數額度限制，有條件大力推進環保局的規范化建設。對于一些區縣環保、林業、水利合署設置的環保局，應結合區縣環保分局派出的要求，合理統籌、積極穩妥地推進垂改工作。對于開發區管委會所屬的事業性質的環保局，各省、自治區、直轄市可以結合開發區管理體制實際情況等合理確定改革方向。
規范設置環境執法機構
《關于開展承擔行政職能事業單位改革試點的指導意見》提出，穩步推進承擔行政執行等職能，主要行使行政處罰、行政強制等行政職權的事業單位改革。這類事業單位的主體是行政執法機構。要全面清理職能，有法律法規依據的繼續依法履職，沒有法律法規依據的原則上予以撤銷，確需保留的要盡快完善法律法規，在此基礎上納入綜合行政執法體制改革統籌推進，并與司法體制改革、城市執法體制改革、文化體制改革等相銜接。
